Jest to bezpośrednia kontynuacja poprzedniej powieści "Zaskoczenie Haruhi Suzumiyi - część 1".

Na płaszczyźnie czasowej β Kyon, Sasaki i jej grupa udają się do North High, chcąc uratować Yuki Nagato. Jednak Kyon nie jest świadom zagrożenia, o istnieniu którego wie przede wszystkim podróżnik w czasie - Fujiwara.